June 2015 - Isis-fish-devel - mailman.cloud.codelutin.com

[ANN] IsisFish 4.4.0.0-rc-3 (pour test)
by Eric Chatellier Dec. 8, 2015

Dec. 8, 2015

Bonjour, Je viens de préparer une nouvelle version de test : 4.4.0.0-rc-3. Cette version n'est pas compatible avec les précédentes, donc les regions déjà migrées en 4.4 devront être migrées à nouveau. Le dossier isis-fish-data ne compilera entierrement qu'avec la version "rc-3" à cause des changements sur la region. Elle contient en particulier des améliorations graphiques: * #7149: Détecter la non présence de "package" dans un script * #7230: Cannot restore sensitivity analysis factor on rule * #7223: Ajouter une option pour supprimer les resultats en fin de simulation (après les exports). * #7224: Ajouter des champs dans la region pour changer la methode de calcul de F * #7210: Add result storage to manage resultat as script files * #7222: Ajouter le calcul de landing weight Téléchargement: * http://forge.codelutin.com/attachments/download/3290/isis-fish-4.4.0.0-rc-3… Cordialement, Eric Chatellier. -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28

2 16

Re: [Isis-fish-devel] A discuter Steph : matrixFishingMortality, matrixFishingMortalityPerGroup, matrixTotalFishingMortality
by Sigrid Lehuta June 25, 2015

June 25, 2015

En effet, c est confus: J'ai pas tres envie de changer les noms car bcp de nos plans et regles y font reference mais ca serait mieux... Steph ??? - matrixFishingMortalityPerGroup peut rester comme ca ou alors on lui colle un "ICES", "matrixFishingMortalityPerGroupICES" - matrixTotalFishingMortality : c'est celle ci "Fbar", ou alors "matrixFishingMortalityBarICES" - matrixFishingMortality : c est en effet le F initial d'isis, on pourrait l'appeler matrixPartialFishingMortality (comme les Fpartiels de Fcube, car c'est un peu ca (par met, flt, zone...), ou matrixFishingMortalityISIS réponse prochainement ! Le 25 juin 2015 14:34, Eric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> a écrit : > Bonjour, > > J'ai encore une imprecision avec ces trois résultats : > - matrixTotalFishingMortality (F ?) > - matrixFishingMortalityPerGroup (fBar ?) > - matrixFishingMortality (?) > > J'ai l'impression que 'matrixFishingMortality', qui existait avant les > autres, > ne concerne pas la même 'fishing mortality' que les autres. > À noter que "matrixTotalFishingMortality" est calculé à partir de > "matrixFishingMortalityPerGroup". > > Est-ce normal ou peut-on améliorer la chose ? > > -- > Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28 > > _______________________________________________ > Isis-fish-devel mailing list > Isis-fish-devel(a)list.isis-fish.org > http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-devel >

1 0

Demande d'un nouveau résultats LbarTotal
by Sigrid Lehuta June 25, 2015

June 25, 2015

Est ce possible de calculer Lbar total, c'est à dire non plus par zone mais sur toute la pop en plus du Lbar par zone ? Merci

2 5

matrixFishingMortality, matrixFishingMortalityPerGroup, matrixTotalFishingMortality
by Eric Chatellier June 25, 2015

June 25, 2015

Bonjour, J'ai encore une imprecision avec ces trois résultats : - matrixTotalFishingMortality (F ?) - matrixFishingMortalityPerGroup (fBar ?) - matrixFishingMortality (?) J'ai l'impression que 'matrixFishingMortality', qui existait avant les autres, ne concerne pas la même 'fishing mortality' que les autres. À noter que "matrixTotalFishingMortality" est calculé à partir de "matrixFishingMortalityPerGroup". Est-ce normal ou peut-on améliorer la chose ? -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28

1 0

Default Simulator : une décision à discuter
by Sigrid Lehuta June 22, 2015

June 22, 2015

Hello j'avais récemment modifier le default Simulator methode computeMonth() pour en extraire le calcul de Fising Mortality per group et Fishing Mortality totale et les mettre après les post actions des règles (hors de la méthode). La raison en est que je voulais pouvoir calculer F soit sur les catch soit sur les landings (hors les landings ne sont disponibles qu'apres la post action des rules). Si on juge que c'est important, je crois qu'il faudrait faire un truc plus propre et dépendant de l'espèce pour la V3.4. Je propose : - est ce important ? (Steph ?) - ajouter une tickBox dans l onglet structure de pop a coté de "group min" et "group max" disant "calcul de F sur les débarquements" Changer la methode fishingMortalityPerGroup comme suit if( ! *tickBox* cochée){ MatrixND catchPerStrategyTemp = resManager.getMatrix(loopstep, pop, ResultName.MATRIX_CATCH_PER_STRATEGY_MET_PER_ZONE_POP); }else { catchPerStrategyTemp = resManager.getMatrix(loopstep, pop, ResultName.*MATRIX_LANDING_PER_MET*); } - effectivement sortir le calcul de ces resultats de ComputeMonth() *************************** Autre aspect, j'ai des pops saisonnières qui sont à 0 en janvier, leur F est donc tjs nul... - est ce utile de spécifier un mois auquel regarder l'abondance pour le calcul de F ou est ce une situation trop rare ? (Steph ?) si c est utile : - ajouter un param "mois de considération de l abondance pour le calcul de F" (!), surnommé "*mcacf*" - modifier la methode fishingMortalityPerGroup : abundancePopJan = resManager.getMatrix(new TimeStep(12*step.getYear()+*mcacf*), pop, ResultName.MATRIX_ABUNDANCE_BEGIN_MONTH); //6 juillet pour squid Sinon peut etre tester si N == 0, si oui boucler sur les pas de temps de l année jusqu a trouver un N!=0 ? *************************** Une autre : dans ObjectiveFunction f = new ObjectiveFunctionBaranov(Cgroup, Mgroup, NgroupJan); Fgroup = MinimisationUtil.fmin(0.0,2.0,1.0e-10, f); // step ?? On limite la recherche de f entre 0 et 2.0 c'est un peu restrictif mais efficace. Il serait bon de tester si Fgroup ==2 ou 1.999 et si c'est le cas de relancer la recherche entre 0 et 10 par exemple car il peut arriver que F depasse 2. ************************** Juste une remarque si je ne m'abuse if y a redondance de test l 328 du defaultSimulateur ligne 265 // discard and landing must be done after post action rules // only if there are one or more strategy if (siMatrix.getStrategies(step).size() > 0) { puis ligne 328 ds ce if if (siMatrix.getStrategies(step).size() > 0) {

2 7

Re: [Isis-fish-devel] [Isis-fish-users] Ne pas conserver les "results"
by Sigrid Lehuta June 12, 2015

June 12, 2015

Conclusion sur les results et Exports : - si on a bien compris le mieux est de recoder tous les exports existants en ExportStep - de laisser la possibilité de créer des ExportEnd si nécessaire - d'ajouter une option "supprimer les résultats en fin de simulation" Le 11 juin 2015 17:26, Eric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> a écrit : > Le 11/06/2015 17:10, Stephanie MAHEVAS a écrit : > > est-ce que ExportStep ne va pas poser de probleme (notamment sur > Caparmor) à > > cause des écritures à chaque pas de temps? > Ca dépend vraiment du système informatique qu'il y a dernière, des accès > réseaux > pour écrire... > Peut-être qu'il peut améliorer l’écriture si on écrit beaucoup d'un coup > que si > on écrit une fois toutes les 5 secondes par exemple. > > Après, dans le cas d'un job Isis, l'influence est minime car qu'on le > fasse au > fur et à mesure, ou à la fin, le volume est le même, et la différence en > temps > d’écriture doit être sensiblement la même. > > Pour une écriture nécessaire (résultat à garder), ce n'est pas très grave. > Pour > les écritures disques inutiles que l'on peut supprimer, cela influence > forcement > la simulation en mieux... > > -- > Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28 > > _______________________________________________ > Isis-fish-users mailing list > Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users >

2 1

très petits nombres
by Sigrid Lehuta June 12, 2015

June 12, 2015

Hello, je fais des simulations où mes espèces s'effondrent (effectifs de l'ordre de e-8), du coup les captures sont aussi en e-8, mais ma mortalité par pêche s'envole ! Ne devrait-on pas décider d'un seuil au delà duquel isis renvoit zéro ? Ou du moins F est mis à zéro ? On a un peu le problème avec certaines migrations, si les coefficients somment à 1.000001 on se retrouve avec des effectifs négatifs bien que très faibles dans certaines zones, ça fait désordre... Qu'en pensez vous ? Quelle solution aurions nous ? Merci

2 1

Modifications concernant les résultats
by Eric Chatellier June 12, 2015

June 12, 2015

> Le 09/06/2015 16:35, Sigrid Lehuta a écrit : >> Question Annexe : >> Comment faire de même pour ResultName ? >> (il m arrive de creer des resultats qui n interessent que moi...) > Je me suis posé la question récemment, mais c'est moins évident. > ResultName.java est utilisé par l'interface graphique pour afficher la liste des > résultats à activer pour la simulation. > > Cela me parait compliqué pour l'interface d'aller lire plusieurs fichiers. > > Il faudrait que l'on réfléchissent à un autre mécanisme en y incluant les > dépendances entres les résultats > (abondance nécessaire pour calculer F par exemple). Voici notre réflexion concernant la modification des résultats. Les resultats seront rendu similaires aux autres scripts dans Isis, à savoir : un fichier par resultat. Par exemple: @Doc(value = "do the doc of Result matrixDiscardsWeightPerStrMet") static final public String MATRIX_DISCARDS_WEIGHT_PER_STR_MET_PER_ZONE_POP = n("matrixDiscardsWeightPerStrMetPerZonePop"); sera transformé en une classe (dans un nouveau package "simulationresult") : public class MatrixDiscardsWeightPerStrMetPerZonePop extends SimulationResult { public String getDescription() throws Exception { return "do the doc of Result matrixDiscardsWeightPerStrMet"; } } Cela permettra également d'ajouter des dépendances dans les resultats de la même façon que les règles (exemple pour F) : public class MatrixFishingMortalityPerGroup extends SimulationResult { protected String[] necessaryResult = { // F nécessite l'abondance et MatrixCatchPerStrategyMetPerZonePop MatrixAboundance.class.getSimpleName(), MatrixCatchPerStrategyMetPerZonePop.class.getSimpleName() }; /** * @return the necessaryResult */ public String[] getNecessaryResult() { return this.necessaryResult; } public String getDescription() throws Exception { return "do the doc of Result matrixFishingMortalityPerGroup"; } } -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28

2 5

Proposition Nouveau résultat : à discuter
by Sigrid Lehuta June 12, 2015

June 12, 2015

Ajout de landing weight ? Si validé, dans DefaultSimulator, après MATRIX_LANDING_PER_MET if (resManager.isEnabled(ResultName.MATRIX_LANDING_WEIGHT_PER_MET)) { MatrixND landing = MatrixFactory.getInstance().create( populationMonitor.getCatch(pop)); if (discard != null) { landing = landing.minus(discard); } MatrixND landingweight = siMatrix.matrixToWeightMatrix(step, 2, ResultName.MATRIX_LANDING_WEIGHT_PER_MET, landing); resManager.addResult(step, pop, landingweight); }

2 2

[ANN] IsisFish 4.4.0.0-rc-2 (pour test)
by Eric Chatellier June 11, 2015

June 11, 2015

Bonjour, Je viens de préparer une nouvelle version de test : 4.4.0.0-rc-2. Elle contient en particulier des améliorations graphiques: * Affichage des occurrences des termes dans l’éditeur de script * Amélioration des performances de l’éditeur * Détection des modifications faites depuis une application externe (pour ne plus écraser le contenu) * Activation de fonctions supplémentaire (rechercher, remplacer...) * Ajout de la possibilité de changer l'ordre des règles Téléchargement: * isis-fish-4.4.0.0-rc-2-bin.zip : http://forge.codelutin.com/attachments/download/3272/isis-fish-4.4.0.0-rc-2… Cordialement, Eric Chatellier. -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28

1 0