September 2020 - Isis-fish-devel - mailman.cloud.codelutin.com

Modification du fonctionnement des simulation sur datarmor
by Eric Chatellier Dec. 1, 2020

Dec. 1, 2020

Bonjour, Suite à une utilisation non conforme de datarmor par ISIS-Fish, j'ai effectué des modifications pour utiliser le transfert de fichier en FTP au lieu de SSH. La connexion SSH est toujours utilisé pour passer les commandes (qsub...). Serveur FTP ----------- Le service FTP tourne sur eftp.ifremer.fr et on ne peut écrire que dans /scratch (qui correspond à /home1/scratch/user/eftp/). J'ai donc été contraint de tout modifier pour: - uploader les fichiers dans /home1/scratch/user/eftp/ - lancer les simulations à partir des fichiers présent dans /home1/scratch/user/eftp/ - suite à la simulation, écrire les résultats également dans /home1/scratch/user/eftp/ Scratch ------- En me renseignant sur les différents partages "datahome", "datawork" et "scratch", je me suit aperçu que "scratch" était le plus adapté également pour faire tourner les simulations (emplacement du "isis-fish-4"): - accès plus rapide que sur les autres disques (haute performance) - espace de stockage de 10To - pas de sauvegarde - suppression automatique tous les 15 jours Le "HOME" d'ISIS-fish est donc maintenant /home1/scratch/user/isis-fish-4 Il faut noter qu'il est à l'extérieur de /home1/scratch/user/eftp/, donc son contenu n'est pas visible depuis le FTP. Il n'est donc plus possible de connaître la progression d'une simulation, mais je pense que ce n'était très peu utilisé finalement, car au vu du nombre de simulation, lorsque que l'état de la simulation est vérifié, elle est soit non démarrée, soit finie, mais très rarement "en cours". Authentification ---------------- Le login/mot de passe pour le FTP n'est pas le même que celui de datarmor. Il faut utiliser un compte "extranet", à configurer dans ISIS-fish pour s'y connecter. Je continue les tests sur datarmor... -- Éric Chatellier -www.codelutin.com - 02.40.50.29.28

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Test Dynamique de flottille et Datarmor en FTP
by Eric Chatellier Nov. 30, 2020

Nov. 30, 2020

Bonjour, J'ai préparé une version d'Isis de test (avec isis-fish-4 séparé) qui contient: - la dynamique de flottille - l'utilisation des nœuds FTP pour les transferts de données avec Datarmor Dynamique de flottille ---------------------- Un nouvel onglet est disponible dans les stratégies pour configurer dynamiquement la proportion d'effort des métiers Datarmor -------- Suite à une demande des administrateur de Datarmor, IsisFish doit maintenant utiliser le protocole FTP pour le transferts des données. L'utilisation est la même qu'avant. Seule la configuration change. Il faut maintenant deux login/mot de passe pour utiliser datarmor: - le compte SSH datarmor - le compte Extranet pour le FTP Cette version est téléchargeable ici : https://forge.codelutin.com/attachments/download/6331/isis-fish-4.5.0.0-gaf… Cordialement, -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28

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Ressources Isis-fish
by Postmaster ISIS-Fish Sept. 30, 2020

Sept. 30, 2020

Amis utilisateurs d'ISIS-Fish, Ce mail automatique, envoyé tous les 3 mois sur les listes de diffusions du projet, a pour but de vous rappeler toutes les ressources disponibles pour toutes vos éventuelles questions et problèmes. Documentation et manuel utilisateurs ------------------------------------ La documentation d'ISIS-Fish est présente sur le site à cette adresse : http://isis-fish.org/index.html. N'hésitez pas à nous remonter les parties qui ne sont pas claires ou les parties qui ne sont pas à jour, le logiciel évoluant, certaines parties de la documentation sont peut-être obsolètes. Questions et FAQ ---------------- Vous pouvez poser vos questions à cette même liste de diffusion en envoyant un mail à isis-fish-users(a)list.isis-fish.org. Toutes les personnes abonnées le recevront et pourront répondre à vos éventuelles questions. N'oubliez pas, avant de poser votre question, de rechercher parmis les archives de la liste (http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/) votre question a peut-être déjà été posée. Les questions les plus fréquemment posées sont regroupées sur le site sur la page FAQ : http://isis-fish.org/v4/user/FAQ.html Forge, rapports de bug, suivi des évolutions -------------------------------------------- Si vous rencontrez un bug, vous pouvez vérifier sur la forge ISIS-Fish (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/issues) si nous en avons déjà connaissance. Si nous n'en avons pas connaissance, vous pouvez nous rapporter le bug, nous l'intègrerons dans la liste des évolutions prévues (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/roadmap) Pour rapporter un bug (ou une demande d'évolution), donnez nous le maximum de détails sur ce bug (comment vous l'avez obtenu ? votre base, vos paramètres et le fichier debug.txt). Plus nous avons d'informations, plus nous pourrons vous aider simplement. L'équipe ISIS-Fish

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Test Structure Age-Longueur
by Eric Chatellier Sept. 22, 2020

Sept. 22, 2020

Bonjour, Voici un premier aperçu des développements en cours sur la structures age-longueur. Dans cette version: - un type d'espèce "Age/longueur" a été ajouté dans l'interface des espèces. - lors de la création des groupes de population, pour chaque groupe d'age, il y a autant de sous groupe de population - les groupes sont définis en age fixes (comme pour les structures en age) - l'objet "PopulationGroup" contient un nouveau champ entier "lengthGroupId" (entier de 0 à n) (n étant le nombre de classe d'age) - l'interface de visualisation des résultats a été modifiée pour pouvoir sommer les résultats par "classe d'age" Le rôle du champ "lengthGroupId" vise à être utilisé dans l’équation de croissance pour renvoyer la longueur dynamiquement. En effet, dans l’équation de croissance, pour plusieurs groupe de population du même age, il faut pouvoir différencier le sous groupe de longueur et pouvoir renvoyer la bonne longueur calculée. Je ne suis pas vraiment satisfait de ce champ "lengthGroupId", mais je n'ai pas vraiment de meilleur idée pour l'instant. C'est une première version pour pouvoir discuter des problèmes et améliorations à revoir. Version de test : https://forge.codelutin.com/attachments/download/6373/isis-fish-4.5.0.0-tes… -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28

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