January 2015 - Isis-fish-devel - mailman.cloud.codelutin.com

changement reproduction/recrutement
by Stephanie MAHEVAS April 22, 2015

April 22, 2015

Bonjour, Nous avons repéré une incohérence dans la description de la dynamique de pop (point déjà soulevé par Sigrid il y a 6 mois à peu près - pour Benjamin) Si la population est structuree en age: La méthode getRecruitment (de populationMonitor) applique changement de classe et migration aux naissances (groupe=null) jusqu'a date_naissance + delta(getMonthGapBetweenReproRecrutement). Cela sous-entend que la classe 0 est = à age 0. Ce qui n'est pas toujours le cas. Pour y remédier, on propose de distinguer dans l'interface reproduction, deux cas : cas 1=reproduction cas2=stock/recrutement *cas 1:reproduction* l'equation renvoie un nombre d'oeufs, qui vont grandir et mourir jusqu'à entrer dans la classe 0 si pop en age : delta = le nombre de mois entre age 0 et age de classe 0 + mois d'arrivee dans l'annee et croissance comme deja implementee (MAIS PAS DE MIGRATION car c'est deja dans la matrice de correspondance repro/recru) si pop en longueur: il faut que l'utilisateur saisisse la valeur de delta (avec une aide sur la definition de delta= nb de mois pour arriver dans classe 0 depuis la naissance) et pas de croissance(pas de changement de classe), ni de migration. *cas 2:stock/recrutement * l'equation renvoie un nombre de recrues en age: delta = le nombre de mois entre age 0 et age de classe 0 + mois d'arrivee dans l'annee en longueur il faut que l'utilisateur saisisse la valeur de delta (avec une aide sur la definition de delta= nb de mois pour arriver dans classe 0 depuis la naissance) Mortalité naturelle doit etre forcée à 0 Pas de migration, pas de changement de classe Donc il faut 1.ajouter un flag dans l'interface Repro (qui devrait s'appeler Repro/Recru) pour sélectionner cas1 ou cas 2 2.ajouter une aide pour le calcul de delta 3.modifier le code de getRecruitment selon algo ci-dessous *si cas 1, supprimer migration *si cas 2, supprimer migration et changement de classe 4.dans simulateur si cas 2 : forcer Mortalite naturelle du groupe null à 0 Stephanie et Sigrid -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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matrice creuse/pleine ?
by Stephanie MAHEVAS Feb. 18, 2015

Feb. 18, 2015

hello pouvez-vous confirmer que l'affirmation suivante est correcte un seuillage à 1000: si on a plus de 1000 valeurs nulles alors on passe en matrice creuse ( ? check avec Benji). Le seuillage est un paramètre de configuration réglable (dans l'interface « simulation.matrix.threshold.use.sparse.class»). par défault est-on en matrice creuse? Stephanie -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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[ANN] IsisFish 4.3.1.2 released
by Eric Chatellier Jan. 28, 2015

Jan. 28, 2015

The IsisFish team is pleased to announce the isis-fish-4.3.1.2 release! Simulateur de pecherie complexe. Documentation of the project can be found here: http://doc.codelutin.com/isis-fish Changes ------- Changes in this version include: Fixed Bugs: o LazyInitializationException: could not initialize proxy - no Session in prescript Issue: 6567. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. Downloads --------- For a manual installation, you can download files here: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/files * isis-fish-4.3.1.2-bin.zip - http://forge.codelutin.com/attachments/download/2802 Maven artifacts --------------- Artifacts are deployed in nuiton maven repository http://maven.nuiton.org/other-releases/ Have fun! -IsisFish team -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28

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[ANN] IsisFish 4.3.1.1 released
by Eric Chatellier Jan. 26, 2015

Jan. 26, 2015

The IsisFish team is pleased to announce the isis-fish-4.3.1.1 release! Simulateur de pecherie complexe. Documentation of the project can be found here: http://doc.codelutin.com/isis-fish Changes ------- Changes in this version include: Fixed Bugs: o Dans les facteurs continues, les valeurs de références négatives ne peuvent pas fonctionner Issue: 6525. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. o LazyInitializationException: could not initialize proxy - no Session in prescript Issue: 6531. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. Downloads --------- For a manual installation, you can download files here: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/files * isis-fish-4.3.1.1-bin.zip - http://forge.codelutin.com/attachments/download/2791 Maven artifacts --------------- Artifacts are deployed in nuiton maven repository http://maven.nuiton.org/other-releases/ Have fun! -IsisFish team -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28

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Ressources Isis-fish
by Postmaster ISIS-Fish Jan. 1, 2015

Jan. 1, 2015

Amis utilisateurs d'ISIS-Fish, Ce mail automatique, envoyé tous les 3 mois sur les listes de diffusions du projet, a pour but de vous rappeler toutes les ressources disponibles pour toutes vos éventuelles questions et problèmes. Documentation et manuel utilisateurs ------------------------------------ La documentation d'ISIS-Fish est présente sur le site à cette adresse : http://isis-fish.org/v4/index.html. N'hésitez pas à nous remonter les parties qui ne sont pas claires ou les parties qui ne sont pas à jour, le logiciel évoluant, certaines parties de la documentation sont peut-être obsolètes. Questions et FAQ ---------------- Vous pouvez poser vos questions à cette même liste de diffusion en envoyant un mail à isis-fish-users(a)list.isis-fish.org. Toutes les personnes abonnées le recevront et pourront répondre à vos éventuelles questions. N'oubliez pas, avant de poser votre question, de rechercher parmis les archives de la liste (http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/) votre question a peut-être déjà été posée. Les questions les plus fréquemment posées sont regroupées sur le site sur la page FAQ : http://isis-fish.org/v4/user/FAQ.html Forge, rapports de bug, suivi des évolutions -------------------------------------------- Si vous rencontrez un bug, vous pouvez vérifier sur la forge ISIS-Fish (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/issues) si nous en avons déjà connaissance. Si nous n'en avons pas connaissance, vous pouvez nous rapporter le bug, nous l'intègrerons dans la liste des évolutions prévues (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/roadmap) Pour rapporter un bug (ou une demande d'évolution), donnez nous le maximum de détails sur ce bug (comment vous l'avez obtenu ? votre base, vos paramètres et le fichier debug.txt). Plus nous avons d'informations, plus nous pourrons vous aider simplement. L'équipe ISIS-Fish

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