Salut Benjamin,
je crois que tu n aurais pas du venir bosser aujourd hui parce que j ai
pas fini de t embeter :-(
je reconnait que demander que le ciblage soit une equation n etait pas
la meilleure idee que j ai eu l an dernier...
en effet je voudrait changer les valeurs du ciblage en multipliant la
valeur actuelle par 0.8 ou 1.2
or le ciblage est une equation "return 0.56;" par exemple
et j ai pas envie de rentrer les deux valeurs pour chacun des metiers d
autant que ca necessite de connaitre leur ordre d apparition dans la liste
est ce que un truc du genre
Equation target =
season.getSpeciesTargetSpecies(pop.getSpecies()).getTargetFactorEquation();
String [] target2 = target.split("return ");
double valActuelle = target2[1].split(";")[0];
//ou alors avec substring mais ca parait risqué...
season.getSpeciesTargetSpecies(pop.getSpecies()).setTargetFactorEquation("return
"+ valActuelle*0.8 + ";");
c est possible ??
merci
sigrid
ci joint le script "fini" mais du coup je sais pas si ca tourne
--
Sigrid LEHUTA
stagiaire Master 2
Ecologie et Modèles pour l'Halieutique
IFREMer, rue de l'ile d'Yeu BP 21105
44311 Nantes Cedex 03
package analyseplans;
import static org.codelutin.i18n.I18n._;
import org.apache.commons.logging.Log;
import org.apache.commons.logging.LogFactory;
import scripts.ResultName;
import java.io.BufferedReader;
import java.io.File;
import java.io.FileReader;
import java.io.Writer;
import java.util.Arrays;
import java.util.Collection;
import java.util.Collections;
import java.util.HashMap;
import java.util.List;
import java.util.Map;
import java.util.Properties;
import org.codelutin.math.matrix.*;
import org.codelutin.util.*;
import org.codelutin.topia.*;
import fr.ifremer.isisfish.*;
import fr.ifremer.isisfish.rule.Rule;
import fr.ifremer.isisfish.rule.RuleHelper;
import fr.ifremer.isisfish.simulator.SimulationContext;
import fr.ifremer.isisfish.types.Date;
import fr.ifremer.isisfish.entities.*;
import fr.ifremer.isisfish.simulator.AnalysePlan;
import fr.ifremer.isisfish.simulator.AnalysePlanContext;
import fr.ifremer.isisfish.simulator.SimulationParameter;
import fr.ifremer.isisfish.datastore.RegionStorage;
import fr.ifremer.isisfish.datastore.RuleStorage;
import fr.ifremer.isisfish.datastore.SimulationStorage;
import fr.ifremer.isisfish.datastore.ResultStorage;
/*
* SAAnchois.java
*
* Created: 6 juin 2007
*
* @author bpoussin <bpoussin(a)labs.libre-entreprise.org>
* @version $Revision: 1.27 $
*
* Last update: $Date: 2007/05/24 09:29:18 $
* by : $Author: bpoussin $
*/
/**
* Le principe est d'avoir dans un repertoire un fichier matrix.txt et un
* fichier par parametre. Si le parametre s'appelle tac, le fichier sera tac.txt
*
* Les fichiers pour les parametres de type double sont de la forme
* <pre>
* -1=0.8
* 1=1.2
* </pre>
*
* Les fichiers pour les parametres de type String sont de la forme
* <pre>
* -1=L'equation ecrite sur une seul ligne
* 1=une autre equation toujours sur une ligne
* </pre>
*
* Les fichiers pour les parametres de type Rule sont de la forme
* <pre>
-1=Cantonnement
rule.-1.parameter.gear=fr.ifremer.isisfish.entities.Gear\#11690286646709\#0.5814158398678262
rule.-1.parameter.zone=fr.ifremer.isisfish.entities.Zone\#11690286645767\#0.37798185123822536
rule.-1.parameter.beginDate=0
rule.-1.parameter.endDate=119
rule.-1.parameter.enginSelectivite=false
rule.-1.parameter.beginMonth=8
rule.-1.parameter.endMonth=11
1=Cantonnement
rule.1.parameter.gear=fr.ifremer.isisfish.entities.Gear\#11690286646709\#0.5814158398678262
rule.1.parameter.zone=fr.ifremer.isisfish.entities.Zone\#11690286645767\#0.37798185123822536
rule.1.parameter.beginDate=0
rule.1.parameter.endDate=119
rule.1.parameter.enginSelectivite=false
rule.1.parameter.beginMonth=3
rule.1.parameter.endMonth=11
* </pre>
*/
public class SAAnchois implements AnalysePlan {
/** to use log facility, just put in your code: log.info("..."); */
static private Log log = LogFactory.getLog(SAAnchois.class);
static private final String MATRIX = "matrix";
static private final String VBGF = "growth";
static private final String FECONDITY = "fecondity";
static private final String SPAWNINGF = "spawningFract";
static private final String MORTALITYA = "Madult";
static private final String MORTALITYJ = "Mjuv";
static private final String CATCHABILITY = "capturabilite";
static private final String FSTD = "facteurStd";
static private final String SELECTIVITY = "selectivity";
static private final String TARGET = "targetFact";
static private final String EFFORT = "effort";
static private final String TAC = "tac";
static private final String APM = "apm";
// FIXME en fait ca ne sert a rien de mettre 13 en parametre, le plan
// est trop specifique pour pouvoir jouer sur le nombre de parametre
public int param_parameterNumber = 12;
public int param_first = 0;
public int param_simulationNumber = 256;
public String param_directory = "";
private MatrixND matrix = null;
public String [] necessaryResult = {
// put here all necessary result for this rule
// example:
// ResultName.MATRIX_BIOMASS,
// ResultName.MATRIX_NET_VALUE_OF_LANDINGS_PER_STRATEGY_MET,
};
public String[] getNecessaryResult() {
return this.necessaryResult;
}
/**
* Permet d'afficher a l'utilisateur une aide sur le plan.
* @return L'aide ou la description du plan
*/
public String getDescription() throws Exception {
// TODO
return _("réalise les expériences d'un FFD de resolution V pour 12 parametres");
}
/**
* Appelé au démarrage de la simulation, cette méthode permet d'initialiser
* des valeurs
* @param simulation La simulation pour lequel on utilise cette regle
*/
public void init(AnalysePlanContext context) throws Exception {
File dir = new File(param_directory);
matrix = MatrixFactory.getInstance().create(new int[]{param_simulationNumber, param_parameterNumber});
matrix.importCSV(new FileReader(new File(dir, MATRIX + ".txt")), new int[]{0,0});
matrix.setSemantics(1, Arrays.asList(new String[]{VBGF,FECONDITY,SPAWNINGF,MORTALITYA,MORTALITYJ,CATCHABILITY,FSTD, SELECTIVITY, TARGET,EFFORT,TAC, APM}));
log.info("Matrix: " + matrix);
}
/**
* @param name le nom de l'element a recuperer
* @param simulation le numero de la simulation
* @return
*/
private double getDouble(String name, int simulation) throws Exception {
File dir = new File(param_directory);
Properties prop = new Properties();
prop.load(new BufferedReader(new FileReader(new File(dir, name + ".txt"))));
// va chercher dans matrix si c est la modalité 1 ou -1 du facteur
int mod = (int)matrix.getValue(simulation, name);
double result = Double.parseDouble(prop.getProperty(""+mod));
return result;
}
private double [] getList(String name, int simulation) throws Exception {
File dir = new File(param_directory);
Properties prop = new Properties();
prop.load(new BufferedReader(new FileReader(new File(dir, name + ".txt"))));
int mod = (int)matrix.getValue(simulation, name);
double [] result = StringUtil.toArrayDouble(prop.getProperty(""+mod).split(";"));
return result;
}
/**
* @param name le nom de l'element a recuperer
* @param simulation le numero de la simulation
* @return
*/
private String getString(String name, int simulation) throws Exception {
File dir = new File(param_directory);
Properties prop = new Properties();
prop.load(new BufferedReader(new FileReader(new File(dir, name + ".txt"))));
int mod = (int)matrix.getValue(simulation, name);
String result = prop.getProperty(""+mod);
return result;
}
private Rule getRule(RegionStorage regionStorage, String name, int simulation) throws Exception {
File dir = new File(param_directory);
Properties prop = new Properties();
prop.load(new BufferedReader(new FileReader(new File(dir, name+".txt"))));
int mod = (int)matrix.getValue(simulation, name);
String ruleName = prop.getProperty(""+mod);
RuleStorage ruleStorage = RuleStorage.getRule(ruleName);
Rule rule = ruleStorage.getNewRuleInstance();
RuleHelper.populateRule(mod, regionStorage, rule, prop);
return rule;
}
/**
* Call before each simulation
* @param context plan context
* @param nextSimulation storage used for next simulation
* @return true if we must do next simulation, false to stop plan
* @throws Exception
*/
public boolean beforeSimulation(AnalysePlanContext context, SimulationStorage nextSimulation) throws Exception {
int simNum = context.getNumber();
if (simNum < param_simulationNumber) {
double [] croissance = getList (VBGF , simNum);
double reproductionRate = getDouble (FECONDITY, simNum);
double spawningFraction = getDouble (SPAWNINGF, simNum);
String adultMortality = getString (MORTALITYA, simNum);
String juvMortality = getString (MORTALITYJ, simNum);
double catchability = getDouble (CATCHABILITY, simNum);
double standardisation = getDouble (FSTD, simNum);
String selectivityEquation = getString(SELECTIVITY, simNum);
double targetFactor = getDouble (TARGET, simNum);
double effort = getDouble (EFFORT, simNum);
Rule tac = getRule(context.getParam().getRegion(), TAC, simNum);
Rule apm = getRule(context.getParam().getRegion(), APM, simNum);
log.info("Fecondites ("+simNum+")= " + reproductionRate);
log.info("Selectivites ("+simNum+")= " + selectivityEquation);
log.info("spawningFraction ("+simNum+")= " + spawningFraction);
log.info("catchability ("+simNum+")= " + catchability);
log.info("Fstd ("+simNum+")= " + standardisation);
log.info("Ftarget("+simNum+")= " + targetFactor);
log.info("effort ("+simNum+")= " + effort);
log.info("croissance ("+simNum+")= " + croissance[0] + " ; " + croissance[6]);
nextSimulation.getInformation().addInformation("Fecondites ("+context.getNumber()+")= " + reproductionRate);
nextSimulation.getInformation().addInformation("Selectivites ("+context.getNumber()+")= " + selectivityEquation);
// modif les parametres des regles de gestion
/* attention il faut avoir charger les regles dans le lanceur de
simu avec des param qui font qu elles ne s'appliquent pas*/
// on enleve les regles de la simulation passé
List<Rule> paramRules = context.getParam().getRules();
paramRules.remove(context.getValue("lastTac"));
paramRules.remove(context.getValue("lastAPM"));
// on retient les regles que l'on va ajouter
context.setValue("lastTac", tac);
context.setValue("lastAPM", apm);
// on ajoute les regles
paramRules.add(tac);
paramRules.add(apm);
TopiaContext tx = nextSimulation.getStorage().beginTransaction();
PopulationDAO popDAO = IsisFishDAOHelper.getPopulationDAO(tx);
// il n'y a qu'une population, et elle nous interesse
Population pop = popDAO.findAll().get(0);
List<PopulationGroup> groups = pop.getPopulationGroup();
//modif fecondité et borne des classes de taille
for (PopulationGroup group : groups) {
group.setReproductionRate(group.getReproductionRate() * reproductionRate);
group.setMinLength(croissance[group.getId()]) ;
group.setMaxLength(croissance[group.getId()+18]) ;
}
// modif frequence de ponte
List<PopulationSeasonInfo> popSea = pop.getPopulationSeasonInfo();
for(PopulationSeasonInfo season : popSea){
MatrixND sfract = season.getReproductionDistribution();
for (MatrixIterator i = sfract.iterator(); i.hasNext();){
i.next();
i.setValue(i.getValue()*spawningFraction);
}
}
// modif l equation de mortalité
String mortality = juvMortality + adultMortality;
Equation eqm = pop.getNaturalDeathRate();
eqm.setContent(mortality);
log.info("eq mortalité ("+simNum+")= " + mortality);
// modif la capturabilité
MatrixND c = pop.getCapturability();
for (MatrixIterator i = c.iterator(); i.hasNext();){
i.next();
i.setValue(i.getValue()* catchability);
}
// modif selectivité et facteur de standardisation
GearDAO gearDAO = IsisFishDAOHelper.getGearDAO(tx);
List<Gear> gears = gearDAO.findAll();
for (Gear gear : gears) {
if (!"senne appat vivant".equals(gear.getName())){
Selectivity selectivity = gear.getPopulationSelectivity(pop);
Equation eq = selectivity.getEquation();
eq.setContent(selectivityEquation);
gear.setStandardisationFactor(gear.getStandardisationFactor()*standardisation);
} }
// modif le coeff de ciblage
MetierDAO metierDAO = IsisFishDAOHelper.getMetierDAO(tx);
List<Metier> metiers = metierDAO.findAll();
for(Metier metier : metiers){
List<MetierSeasonInfo> seasons = metier.getMetierSeasonInfo();
for(MetierSeasonInfo season : seasons){
Equation eqt = season.getSpeciesTargetSpecies(pop.getSpecies()).getTargetFactorEquation();
season.getSpeciesTargetSpecies(pop.getSpecies()).setTargetFactorEquation();
}
}
// modif le nb de jours d inactivité
StrategyDAO strategyDAO = IsisFishDAOHelper.getStrategyDAO(tx) ;
List<Strategy> strategies = strategyDAO.findAll();
for (Strategy strategy : strategies) {
List <StrategyMonthInfo> monthInfos = strategy.getStrategyMonthInfo();
for (StrategyMonthInfo month : monthInfos) {
int days = Math.round(month.getMinInactivityDays()*effort);
month.setMinInactivityDays(days);
}
}
tx.commitTransaction();
return true;
} else {
return false;
}
}
/**
* Call after each simulation
* @param context plan context
* @param nextSimulation storage used for next simulation
* @return true if we must do next simulation, false to stop plan
* @throws Exception
*/
public boolean afterSimulation(AnalysePlanContext context, SimulationStorage lastSimulation) throws Exception {
return true;
}
}
