December 2011 - Isis-fish-devel - mailman.cloud.codelutin.com

Animation Reseau ISIS-Fish - 5 et 6 Décembre 2011
by Stephanie MAHEVAS 03 Jan '12

03 Jan '12

Bonjour à tous suite au message de juin dernier, je vous propose d'organiser la réunion N°2 du réseau ISIS-fish. Elle se tiendra sur 2 jours les *5 et 6 décembre à Nantes*. Pour faciliter l'organisation, *merci de me confirmer votre présence avant le 7 octobre*. L'ordre du jour sera le suivant *Lundi 5 décembre* 10h-18h (salle 8) - Présentation de la dernière version d'ISIS-Fish + Visio avec Dominique en Nouvelle Calédonie - Présentations des applications en cours application Manche poissons plats (Paul et Loic) application Golfe de Gascogne anchois (Sigrid et Lionel) application Golfe de Gascogne Merlu-langoustine (Michel,Stephanie et Sonia) application Bouche de Bonifaccio (Delphine) application Banuyls (Chirine, Marion) application Nouvelle-Caledonie (Bastien) application Tasmanie (Jessica et Philippe) application Nouvelle-Zélande (Paul) application Canada- Golfe du St Laurent (Benoit, Stéphanie) autres?? *Mardi 6 décembre *9h-16h (salle 8) - Fin des présentations sur les applications* * - Présentations des nouvelles librairies VPA et Harvest Control Rule (Paul) RUM (Youen) Analyse de sensibilite (Steph) - Discussions, projets à venir, amélioration des la calibration couplage avec d'autres modèles application golfe de Gascogne sole - Financement - Fonctionnement du réseau et formations Si vous souhaitez ajouter des points à l'ordre du jour merci de me l'indiquer. Merci de diffuser cette annonce autour de vous car c'est aussi l'occasion pour des gens intéressés de découvrir ISIS-Fish. Bonne journée Stéphanie Stephanie MAHEVAS <Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr> a écrit : > Chers ISIS-Fishiens > > La réunion N°2 du réseau ISIS-fish aura lieu en novembre ou décembre > prochain sur 3 jours à Nantes. Il s'agit d'une réunion d'animation > scientifique et technique autour de ISIS-Fish. > Cette réunion est ouverte à tous (utilisateurs/non utilisateurs) et > doit permettre > > 1. aux utilisateurs/développeurs > > * de mieux se connaitre > * d'échanger sur l'expérience et d'en faire profiter les autres > * de faire le point sur les difficultés et de trouver des solutions > pour y pallier > > 2. aux nouveaux > > * de mieux comprendre ce qu'est ISIS, > * à quoi il sert et > * comment on l'utilise > > 3. de discuter d'une stratégie de réseau interne à l'Ifremer et > externe à l'Ifremer pour développer de nouvelles applications > > L'organisation de la réunion serait la suivante: > Journée 1 : présentation/formation (Modèle, Java, Calibration, AS) > Journée 2 : 1) des dernières évolutions d'ISIS-Fish, 2) différentes > applications en cours, 3) des évolutions à venir, 4) discussion sur le > fonctionnement du réseau > Journée 3 : Travaux pratiques > > Je vous propose un doodle pour bloquer des dates et permettre aux > utilisateurs lointains de s'organiser > http://www.doodle.com/tt33kwzgy7runsfr. > Merci d'utiliser le champ commentaire pour lister vos attentes de > cette réunion. > > Si vous connaissez des personnes potentiellement intéressées, merci de > leur diffuser l'information. > > Bonne journée > Stéphanie > > -- > ...................................................................... > Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) > IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 > 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| > \ / |__ o _ \ o / o > /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ > / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ > ...................................................................... > _______________________________________________ > Isis-fish-users mailing list > Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users > -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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[ANN] - IsisFish 4.0.0.1 released
by forge.codelutin.com Release Notification 20 Dec '11

20 Dec '11

The IsisFish team is pleased to announce the isis-fish-4.0.0.1 release! Simulateur de pecherie complexe. Documentation of the project can be found here: http://maven-site.forge.codelutin.com/isis-fish Changes ------- Changes in this version include: New features: o Garder l'info strategy dans les exports de captures Issue: 411. Thanks to Jean Couteau. Resolved by jcouteau. o Page présentation du fonctionnement communauté isis Issue: 405. Thanks to Jean Couteau. Resolved by jcouteau. Fixed Bugs: o Icone des equations discretes ne fonctionne pas Issue: 574. Thanks to Jean Couteau. Resolved by echatellier. o Effectifs initiaux discrets non remplissables Issue: 572. Thanks to Jean Couteau. Resolved by echatellier. o Bug rendu en aire sur les graphiques Issue: 571. Thanks to Jean Couteau. Resolved by echatellier. o Bug fonction recherche mot avec accent sur liste de diffusion. Issue: 398. Thanks to Jean Couteau. Resolved by bpoussin. o AS - Pas possible d'avoir plusieurs facteurs TargetFactor Issue: 591. Thanks to Jean Couteau. Resolved by echatellier. Downloads --------- For a manual installation, you can download files here: http://forge.codelutin.com/projects/files/isis-fish * isis-fish-4.0.0.1-bin.zip - http://forge.codelutin.com/attachments/download/231 Maven artifacts --------------- Artifacts are deployed in nuiton maven repository http://maven.nuiton.org/other-releases/ * http://maven.nuiton.org/other-releases/fr/ifremer/isis-fish/4.0.0.1/THIRD-P… * http://maven.nuiton.org/other-releases/fr/ifremer/isis-fish/4.0.0.1/isis-fi… * http://maven.nuiton.org/other-releases/fr/ifremer/isis-fish/4.0.0.1/isis-fi… * http://maven.nuiton.org/other-releases/fr/ifremer/isis-fish/4.0.0.1/isis-fi… * http://maven.nuiton.org/other-releases/fr/ifremer/isis-fish/4.0.0.1/isis-fi… * http://maven.nuiton.org/other-releases/fr/ifremer/isis-fish/4.0.0.1/isis-fi… * http://maven.nuiton.org/other-releases/fr/ifremer/isis-fish/4.0.0.1/isis-fi… * http://maven.nuiton.org/other-releases/fr/ifremer/isis-fish/4.0.0.1/isis-fi… * http://maven.nuiton.org/other-releases/fr/ifremer/isis-fish/4.0.0.1/THIRD-P… Have fun! -IsisFish team

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[ANN] - IsisFish 3.3.0.9 released
by forge.codelutin.com Release Notification 19 Dec '11

19 Dec '11

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Bug lancement AS
by Loic GASCHE 19 Dec '11

19 Dec '11

Bonjour, Pour tenter de comprendre pourquoi les AS ne se font pas avec la dernière V4 j'ai lancé une petite AS ce matin afin d'avoir un debug à envoyer... Et il semble en effet qu'il y a un soucis de communication entre ISIS et R/le package sensitivity, mais je ne comprends pas tout. Une idée ? Loïc

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Les bugs du lundi...
by Loic GASCHE 16 Dec '11

16 Dec '11

Bonjour, Il semble que le problème de "lenteur" à l'ouverture d'ISIS soit beaucoup plus embêtant que prévu... En effet je pensais qu'il n'avait lieu que lors de l'importation d'anciennes simus, mais en fait cela se produit aussi dans le cas de simulations obtenues avec ISIS V4. En effet, impossible d'ouvrir ISIS ce matin (même après quelques heures...) car j'ai fait tourner des AS en fin de semaine dernière et ai donc quelques milliers de simulations dans mon répertoire simulations. C'est donc plutôt handicapant... Un autre soucis que je ne m'explique pas : ISIS n'a fait aucune des AS que je lui avais demandé... Toutes les simulations nécessaires ont tourné sans aucun problème, mais je me rends compte que les dossiers du répertoire sensitivityresults sont vides et que les Rdata sont ceux créés en début de simulation et qu'aucun n'a été mis à jour... je vais essayer de creuser plus de ce côté pour essayer de comprendre d'où ça vient, mais si quelqu'un a une idée je suis preneur. Loïc

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Double plantage d'ISIS V4 à cause de JAVA
by Loic GASCHE 14 Dec '11

14 Dec '11

Bonjour, J'avais eu ce soucis il n'y a pas longtemps avec la V3, et là Java a fait planter ISIS deux fois de suite au cours d'une AS (deux fois la même avec un redémarrage du PC entre temps). Comme j'utilise ISIS64 et Java en 64 bits aussi, je m'interroge : la version 32 bits de Java ne serait-elle pas plus stable avec ISIS (quoique quand la V3 a planté c'était en 32bits) ? Car au lieu de jongler entre Java en 32bits et en 64bits (et peut-être de créer des conflits entre les deux ?)je me demande s'il ne serait pas préférable que je fasse le ménage pour ne réinstaller que la version 32 bits de Java ? Loïc

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Lien mort dans le menu du site d'ISIS
by Loic GASCHE 14 Dec '11

14 Dec '11

Bonjour, Le lien "Analyse de sensibilite" dans l'onglet "Manuel utilisateur" du menu du site d'ISIS donne une erreur 404 quand on clique dessus. C'est peut-être en cours de mise en place mais dans le doute je le signale... Loïc

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Bugs avec l'interface d'ISIS
by Loic GASCHE 09 Dec '11

09 Dec '11

Bonjour, J'ai rencontré deux bugs avec ISIS, le premier correspond a la PJ "debug.txt" et le second à l'image et à un "debug(2).txt" que j'ai mis sur jyraphe : http://upload.codelutin.com/file.php?h=Rc0b5b02889bffd6312c17ca92f9aa1be Le premier soucis s'est produit alors que je voulais lancer une AS : dans l'onglet "Analyse de Sensibilité" puis à "Métiers" et enfin en choisissant l'onglet "Espèces capturables" et une saison, on peut faire une AS sur le TargetFactor d'un métier pour chaque espèce représentée. J'ai réussi à la faire pour les espèces d'un premier métier, mais en voulant faire de même pour le métier suivant, impossible de cliquer sur le bouton "null(TargetFactor)" qui ouvre l'interface d'AS. J'ai essayé de changer d'onglet et de revenir et ça n'a rien changé... (c'est dans debug.txt) Le second problème, que j'avais déjà rencontré avec ISIS V3 est le plantage pur et simple de l'interface ISIS alors que les simus tournent encore (debug(2))... J'ai trouvé ce matin l'écran d'ISIS figé à l'heure du plantage et en le réduisant puis en le remettant en plein écran ça m'a donné une fenêtre noire. Les simus ont l'air d'être encore entrain de tourner sans soucis puisque les dossiers se créent encore et que le processeur est à fond, donc ce n'est pas si problématique que ça. Voilà. Loïc INFO [main] (IsisFish.java:118) main - Starting Isis-Fish 4.0.0.0 with args : [] INFO [main] (IsisFish.java:119) main - Date: 07/12/11 16:59 INFO [main] (IsisFish.java:120) main - Java version: 1.6.0_29-b11, Java HotSpot(TM) Client VM INFO [main] (IsisFish.java:121) main - System arch: x86 INFO [main] (IsisFish.java:122) main - R_HOME: C:\Program Files\R\R-2.13.0, R.type: jni INFO [main] (IsisFish.java:123) main - PATH: C:\Program Files (x86)\MiKTeX 2.9\miktex\bin;C:\Windows\system32;C:\Windows;C:\Windows\System32\Wbem;C:\Windows\System32\WindowsPowerShell\v1.0\;C:\Program Files\Intel\DMIX;C:\Program Files\Intel\WiFi\bin\;C:\Program Files\Common Files\Intel\WirelessCommon\;C:\Program Files (x86)\NTRU Cryptosystems\NTRU TCG Software Stack\bin\;C:\Program Files\NTRU Cryptosystems\NTRU TCG Software Stack\bin\;C:\Program Files\Wave Systems Corp\Gemalto\Access Client\v5\;C:\Program Files (x86)\Common Files\Roxio Shared\DLLShared\;C:\Program Files (x86)\Common Files\Roxio Shared\10.0\DLLShared\;C:\Program Files\R\R-2.13.0\bin\i386\;C:\Program Files (x86)\Java\jre6\bin; INFO [main] (IsisFish.java:317) initVCS - Check state of local repository: C:\Users\lgasche\isis-fish-4\isis-database INFO [main] (VCSSVN.java:143) getSVNManager - Try to connect to http://svn.forge.codelutin.com/svn/isis-fish-data WARN [main] (VCSSVN.java:236) isConnected - Impossible de se connecter au serveur, passage en mode déconnecté : http://svn.forge.codelutin.com/svn/isis-fish-data org.tmatesoft.svn.core.SVNException: svn: unknown host svn: OPTIONS request failed on '/svn/isis-fish-data' at org.tmatesoft.svn.core.internal.wc.SVNErrorManager.error(SVNErrorManager.java:106) at org.tmatesoft.svn.core.internal.wc.SVNErrorManager.error(SVNErrorManager.java:90) at org.tmatesoft.svn.core.internal.io.dav.http.HTTPConnection.request(HTTPConnection.java:639) at org.tmatesoft.svn.core.internal.io.dav.http.HTTPConnection.request(HTTPConnection.java:277) at org.tmatesoft.svn.core.internal.io.dav.http.HTTPConnection.request(HTTPConnection.java:265) at org.tmatesoft.svn.core.internal.io.dav.DAVConnection.exchangeCapabilities(DAVConnection.java:516) at org.tmatesoft.svn.core.internal.io.dav.DAVConnection.open(DAVConnection.java:98) at org.tmatesoft.svn.core.internal.io.dav.DAVRepository.openConnection(DAVRepository.java:1000) at org.tmatesoft.svn.core.internal.io.dav.DAVRepository.getLatestRevision(DAVRepository.java:179) at org.tmatesoft.svn.core.wc.SVNBasicClient.getRevisionNumber(SVNBasicClient.java:482) at org.tmatesoft.svn.core.wc.SVNBasicClient.getLocations(SVNBasicClient.java:876) at org.tmatesoft.svn.core.wc.SVNBasicClient.createRepository(SVNBasicClient.java:534) at org.tmatesoft.svn.core.wc.SVNWCClient.doGetProperty(SVNWCClient.java:1283) at org.tmatesoft.svn.core.wc.SVNWCClient.doGetProperty(SVNWCClient.java:1064) at fr.ifremer.isisfish.vcs.VCSSVN.isConnected(VCSSVN.java:226) at fr.ifremer.isisfish.IsisFish.initVCS(IsisFish.java:392) at fr.ifremer.isisfish.IsisFish.main(IsisFish.java:141) Caused by: java.net.UnknownHostException: svn.forge.codelutin.com at java.net.Inet6AddressImpl.lookupAllHostAddr(Native Method) at java.net.InetAddress$1.lookupAllHostAddr(Unknown Source) at java.net.InetAddress.getAddressFromNameService(Unknown Source) at java.net.InetAddress.getAllByName0(Unknown Source) at java.net.InetAddress.getAllByName(Unknown Source) at java.net.InetAddress.getAllByName(Unknown Source) at java.net.InetAddress.getByName(Unknown Source) at org.tmatesoft.svn.core.internal.util.SVNSocketFactory.createAddres(SVNSocketFactory.java:141) at org.tmatesoft.svn.core.internal.util.SVNSocketFactory.createPlainSocket(SVNSocketFactory.java:55) at org.tmatesoft.svn.core.internal.io.dav.http.HTTPConnection.connect(HTTPConnection.java:186) at org.tmatesoft.svn.core.internal.io.dav.http.HTTPConnection.request(HTTPConnection.java:331) ... 14 more INFO [main] (VCSSVN.java:143) getSVNManager - Try to connect to http://svn.forge.codelutin.com/svn/isis-fish-community WARN [main] (VCSSVN.java:236) isConnected - Impossible de se connecter au serveur, passage en mode déconnecté : http://svn.forge.codelutin.com/svn/isis-fish-community org.tmatesoft.svn.core.SVNException: svn: unknown host svn: OPTIONS request failed on '/svn/isis-fish-community' at org.tmatesoft.svn.core.internal.wc.SVNErrorManager.error(SVNErrorManager.java:106) at org.tmatesoft.svn.core.internal.wc.SVNErrorManager.error(SVNErrorManager.java:90) at org.tmatesoft.svn.core.internal.io.dav.http.HTTPConnection.request(HTTPConnection.java:639) at org.tmatesoft.svn.core.internal.io.dav.http.HTTPConnection.request(HTTPConnection.java:277) at org.tmatesoft.svn.core.internal.io.dav.http.HTTPConnection.request(HTTPConnection.java:265) at org.tmatesoft.svn.core.internal.io.dav.DAVConnection.exchangeCapabilities(DAVConnection.java:516) at org.tmatesoft.svn.core.internal.io.dav.DAVConnection.open(DAVConnection.java:98) at org.tmatesoft.svn.core.internal.io.dav.DAVRepository.openConnection(DAVRepository.java:1000) at org.tmatesoft.svn.core.internal.io.dav.DAVRepository.getLatestRevision(DAVRepository.java:179) at org.tmatesoft.svn.core.wc.SVNBasicClient.getRevisionNumber(SVNBasicClient.java:482) at org.tmatesoft.svn.core.wc.SVNBasicClient.getLocations(SVNBasicClient.java:876) at org.tmatesoft.svn.core.wc.SVNBasicClient.createRepository(SVNBasicClient.java:534) at org.tmatesoft.svn.core.wc.SVNWCClient.doGetProperty(SVNWCClient.java:1283) at org.tmatesoft.svn.core.wc.SVNWCClient.doGetProperty(SVNWCClient.java:1064) at fr.ifremer.isisfish.vcs.VCSSVN.isConnected(VCSSVN.java:226) at fr.ifremer.isisfish.IsisFish.initCommunityVCS(IsisFish.java:511) at fr.ifremer.isisfish.IsisFish.main(IsisFish.java:142) Caused by: java.net.UnknownHostException: svn.forge.codelutin.com at java.net.InetAddress.getAllByName0(Unknown Source) at java.net.InetAddress.getAllByName(Unknown Source) at java.net.InetAddress.getAllByName(Unknown Source) at java.net.InetAddress.getByName(Unknown Source) at org.tmatesoft.svn.core.internal.util.SVNSocketFactory.createAddres(SVNSocketFactory.java:141) at org.tmatesoft.svn.core.internal.util.SVNSocketFactory.createPlainSocket(SVNSocketFactory.java:55) at org.tmatesoft.svn.core.internal.io.dav.http.HTTPConnection.connect(HTTPConnection.java:186) at org.tmatesoft.svn.core.internal.io.dav.http.HTTPConnection.request(HTTPConnection.java:331) ... 14 more INFO [main] (IsisFish.java:151) main - after init done in 18.345. INFO [main] (SimulationExecutor.java:78) <init> - SimulationExecutor started with 4 thread for dans un sous processus INFO [main] (SimulationExecutor.java:78) <init> - SimulationExecutor started with 1 thread for sur le serveur Caparmor INFO [main] (SimulationExecutor.java:78) <init> - SimulationExecutor started with 1 thread for dans le même processus INFO [main] (IsisTray.java:117) getInstance - Use system tray: fr.ifremer.isisfish.IsisTray$AWTSystemTray INFO [Thread-9] (CronService.java:84) run - Starting 1 registered services INFO [AWT-EventQueue-0] (RegionStorage.java:241) getRegion - Try to open region CHANNEL(C:\Users\lgasche\isis-fish-4\isis-database\regions\CHANNEL) INFO [AWT-EventQueue-0] (DataStorage.java:209) getStorage - Create new storage for CHANNEL OpenMap(tm) Version 4.6.5 Copyright (C) BBNT Solutions LLC. All rights reserved. See http://openmap.bbn.com/ for details. ERROR [AWT-EventQueue-0] (InputHandler.java:782) displayFactorWizard - Can't find bean in current verifier (sensitivityBeanClass = class fr.ifremer.isisfish.entities.TargetSpeciesImpl, sensitivityBeanID = fr.ifremer.isisfish.entities.TargetSpecies#1224511346367#0.23631880102456282) ERROR [AWT-EventQueue-0] (InputHandler.java:782) displayFactorWizard - Can't find bean in current verifier (sensitivityBeanClass = class fr.ifremer.isisfish.entities.TargetSpeciesImpl, sensitivityBeanID = fr.ifremer.isisfish.entities.TargetSpecies#1224511346367#0.23631880102456282) ERROR [AWT-EventQueue-0] (InputHandler.java:782) displayFactorWizard - Can't find bean in current verifier (sensitivityBeanClass = class fr.ifremer.isisfish.entities.TargetSpeciesImpl, sensitivityBeanID = fr.ifremer.isisfish.entities.TargetSpecies#1224511346367#0.23631880102456282) ERROR [AWT-EventQueue-0] (InputHandler.java:782) displayFactorWizard - Can't find bean in current verifier (sensitivityBeanClass = class fr.ifremer.isisfish.entities.TargetSpeciesImpl, sensitivityBeanID = fr.ifremer.isisfish.entities.TargetSpecies#1224511346367#0.23631880102456282) ERROR [AWT-EventQueue-0] (InputHandler.java:782) displayFactorWizard - 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Bug à l'ouverture d'ISIS avec un script d'export
by Loic GASCHE 08 Dec '11

08 Dec '11

Bonjour, J'ai installé la dernière version d'ISIS, et à l'ouverture j'ai eu le message d'erreur qui est en PJ. On dirait qu'il y a un soucis dans un des scripts d'export. Loïc

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isis V4 test Anchois part 2 : les regles
by Sigrid.Lehuta＠ifremer.fr 02 Dec '11

02 Dec '11

Re coucou, je viens de recopier des regles de gestion crees en V3 dans la V4 et j ai des erreurs, surtout des objets et methodes non reconnus quand des dates sont impliquees. qu est ce qui a change?? Merci Un echantillon representatif: - la class Date n est pas reconnue (pourtant j ai import fr.ifremer.isisfish.types.Date; ) - cannot find symbol method getUseAnalysePlan() location: interface fr.ifremer.isisfish.simulator.SimulationParameter if(context.getSimulationStorage().getParameter().getUseAnalysePlan()){ - C:\Users\slehuta.NEPTUNE\isis-fish-4\isis-database\rules\Paita5_Anchois.java:121: warning: [deprecation] getMonth() in java.util.Date has been deprecated } else if (date.getMonth().before(param_beginMonth)) { - C:\Users\slehuta.NEPTUNE\isis-fish-4\isis-database\rules\Paita5_Anchois.java:123: int cannot be dereferenced } else if (date.getMonth().after(param_endMonth)) { - C:\Users\slehuta.NEPTUNE\isis-fish-4\isis-database\rules\Paita5_Anchois.java:138: cannot find symbol symbol : method next() location: class java.util.Date for (Date dat = new Date(0); dat.before(date); dat = dat.next()) { - C:\Users\slehuta.NEPTUNE\isis-fish-4\isis-database\rules\Paita5_Anchois.java:140: cannot find symbol symbol : method getMatrix(java.util.Date,fr.ifremer.isisfish.entities.Population,java.lang.String) location: class fr.ifremer.isisfish.datastore.ResultStorage MatrixND mat = matResult.getMatrix(dat, param_pop, - C:\Users\slehuta.NEPTUNE\isis-fish-4\isis-database\rules\RuleE_Es_Anchois.java:214: cannot find symbol symbol : method getMetierSeasonInfo(int) location: interface fr.ifremer.isisfish.entities.Metier TargetSpecies ts = metier.getMetierSeasonInfo(date.getMonth()).getSpeciesTargetSpecies(param_pop.getSpecies()); -- Sigrid Lehuta Post-doctorante, Institut de Recherche du Golfe du Maine, USA contact : + 1-207-228-1695 / slehuta(a)ifremer.fr / slehuta(a)gmri.org http://www.gmri.org/people/bio.asp?ID=344 Membre de l'Association Française d'Halieutique http://halieutique.agrocampus-ouest.fr/afh/index.html

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