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[ANN] - IsisFish 4.2.1.2 released
by Eric Chatellier 12 Dec '13

12 Dec '13

The IsisFish team is pleased to announce the isis-fish-4.2.1.2 release! Simulateur de pecherie complexe. Documentation of the project can be found here: http://www.isis-fish.org Changes ------- Changes in this version include: New features: o New cache implementation for better performance Issue: 3952. Thanks to Benjamin Poussin. Resolved by bpoussin. Downloads --------- For a manual installation, you can download files here: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/files * http://forge.codelutin.com/attachments/download/1296/isis-fish-4.2.1.2-bin.… Have fun! -IsisFish team -- Éric Chatellier - Code Lutin Tel: 02.40.50.29.28 - http://www.codelutin.com

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Bibliothèque mathématique
by Benjamin POUSSIN 12 Dec '13

12 Dec '13

Salut, Si des experts pouvaient nous dire si il a des choses intéressantes dans cette bibliothèque (pour utiliser dans les scripts, équations, ...) http://commons.apache.org/proper/commons-math/apidocs/index.html Si elle permet de faire des choses qu'on ne peut pas actuellement, on peut l'ajouter dans isis. -- Benjamin POUSSIN -------------------- tél: +33 (0) 2 40 50 29 28 email: poussin(a)codelutin.com http://www.codelutin.com

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Nouvelle implantation du cache
by Benjamin POUSSIN 09 Dec '13

09 Dec '13

Salut, Après un peu de réfléchissement (jean-pierre), je me suis dit qu'il était peut-être mieux de regarder après le 1er pas de temps, le nombre de Mo de données stocké dans le cache, de le multiplier par 3 pour être large et de prendre cette valeur comme taille de cache pour la simulation. On perd donc quelques données en cache qui ne dépendent pas du pas de temps car on doit recréer un cache (on ne peut pas modifier un cache existant). Mais je pense que ce n'est vraiment grave. Bilan sur la base de camille (2 pops avec 65 et 25 classes d'age, 24 stratégies) - Avec l'ancienne version et 1Go de RAM. 1h20 pour arrivé péniblement à l'année 4 (et rame de + en +, mémoire pleine) - Avec l'ancienne version et 2Go de RAM. 40min pour arrivé péniblement à l'année 6 (et rame de + en +, mémoire pleine) - Avec la nouvelle version et 1Go de RAM, 11min pour arriver au bout. (600Mo de mémoire utilisé au maximum) Ce qui représente 35 837 358 valeurs calculées dont 31 897 625 récupérées du cache soit une utilisation de 89% Taille de cache calculé en fonction du 1er pas de temps fixé par Isis à 58Mo Au total il y a eu 2,4Go de données calculés pour les 10ans et la plus grosse matrice faisait 1,2Mo -- Benjamin POUSSIN -------------------- tél: +33 (0) 2 40 50 29 28 email: poussin(a)codelutin.com http://www.codelutin.com

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Debut d'explication des problemes de cache ?
by Benjamin POUSSIN 06 Dec '13

06 Dec '13

Salut, Pour quelle raison la ligne suivante: context.clearCache(step); a été retirée dans le commit 296 ? http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish-data/repository/revisions/296… Je voudrais pas dénoncer mais: 25/09/2012 16:51 Eric Chatellier Ajout des scripts utilisant groupMin/groupMax permettant de calculer la mortalité totale par pêche (ftot). et aucun mot sur la suppression de cette ligne qui est tout de même 'un peu' importante :( Bon, ça n'explique pas tout, car derrière, on a encore des soft références qui devrait libérer tout de même de la mémoire. Mais, peut-être faut-il, sur le court terme modifier le script pour que tous les utilisateurs retrouvent ces lignes -- Benjamin POUSSIN -------------------- tél: +33 (0) 2 40 50 29 28 email: poussin(a)codelutin.com http://www.codelutin.com

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question java ...
by Sigrid Lehuta 06 Dec '13

06 Dec '13

j'ai une question compliquée a expliquer, si vous avez le temps appelez moi, la voici: certaines methodes "get" renvoit l'objet lui meme et toute transformation faite plus tard, affecte l objet initial meme s'il est stoqué sous un autre nom... d'autres methodes non... comment on sait qui fait quoi? exemple: si je fais: Equation nr = pop.getNaturalDeathRate(); nr.setContent("return 0.2"); est ce que ca modifie l'equation Natural death rate ou seulement nr ? autrement dit, est ce que c'est different de : pop.getNaturalDeathRate().setContent("return 0.2"); ? par exemple pour les matrices c'est marqué: getSubMatrix() *Returns:*new matrix Je pose des questions metaphysiques? MERCI!

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Amélioration de la syntaxe d'accès aux Variables
by Benjamin POUSSIN 06 Dec '13

06 Dec '13

Salut, plutot que : context.get(zone).getAsDouble('granularite') je verais bien: Variable.getAsDouble(context, zone, "granularite") ou: Context.getVariableAsDouble(zone, "granularite") Ou pourrait aussi faire (mais c'est plus dur pour nous): zone.getVariableAsDouble(context, "granularite") Chers utilisateurs, avez vous une préférence entre ces 4 syntaxes -- Benjamin POUSSIN -------------------- tél: +33 (0) 2 40 50 29 28 email: poussin(a)codelutin.com http://www.codelutin.com

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tutoriaux en anglais
by Sigrid Lehuta 05 Dec '13

05 Dec '13

Hola je me suis lancée (enfin) dans les traductions pour le site. Voici le tutoriel plan d'analyse (en.docx) pouvez vous le poster svp? Il y a des fichiers joints à charger. CalibrationEspeceq1q2Export_en.java et Example_SimulationPlan_en.java Les fichiers .. _Fichiers paramètres et matrice: ../../downloads/Exemple_directory.zip appelés plus hauts ne sont pas modifiés en anglais, on peut pointer sur les anciens. Dites moi si ca vous convient qu'on fonctionne comme ca. Je m'attaque au tuto APIs. Merki Sid SimulationPlansd.docx<https://docs.google.com/file/d/0B566moKtvIFzMWw4TVZnZGRpbWs/edit?usp=drive_…> CalibrationEspeceq1q2Export_en.java<https://docs.google.com/file/d/0B566moKtvIFzdVpSWWkzTkFDTGs/edit?usp=drive_…> Example_SimulationPlan_en.java<https://docs.google.com/file/d/0B566moKtvIFzd2JnakV4NU1Mc2c/edit?usp=drive_…>

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Gestion de la distribution dans les méthodes d'AS
by Eric Chatellier 22 Nov '13

22 Nov '13

Bonjour, J'ai un peu progressé dans la compréhension de l'utilisation de la distribution dans les méthodes d'AS. Il y a plusieurs cas: * soit la méthode prend en paramètres la distribution directement (Fast99) * soit des paramètres de la distribution peuvent être calculé avant par une distribution (Sobol) * soit la méthode gère elle même la distribution, non modifiable (LHS) * soit la distribution ne peut pas être gérée Voici en détail les problèmes rencontrés suivant les méthodes de calcul: Morris ------ Morris prend en paramètres deux vecteurs correspondant aux valeurs min et max de chaque facteur. Si les facteurs n'ont pas été défini en distribution uniforme avec des valeurs min et max, cela pose problème. Sobol ----- Sobol prend en paramètres 2 dataframe qui peuvent être défini manuellement suivant une méthode de distribution. C'est donc théoriquement possible. RandomLHS et OptimumLHS ----------------------- RandomLHS gère elle même une distribution uniforme entre 0 et 1. help(randmonLHS) : An ‘n’ by ‘k’ Latin Hypercube Sample matrix with values uniformly distributed on [0,1] Donc en faisant un produit en croix entre min et max, il est possible d'obtenir la valeur réelle du facteur. Mais dans le cas d'une distribution non uniforme, comment peut-on exploiter la valeur entre 0 et 1 ? ExpandGrid ---------- Pas de gestion de la distribution. RDOpimal -------- Pas de gestion de la distribution. Apparemment Sigrid avait bien aidé Jean sur ce script. RegularFraction --------------- Pas de gestion de la distribution. JavaExpandGrid et FrF2 ---------------------- JavaExpandGrid calcule manuellement les valeurs des facteurs. Donc a moins de refaire le calcul pour toutes les distributions possibles, autant supprimer cette méthode. FrF2 est la même méthode que RegularFraction. Stéphanie, tu aurais un moment pour rediscuter de ca ? -- Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com

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Test performances
by Sigrid Lehuta 22 Nov '13

22 Nov '13

Hello, à la dernière réunion on avait prévu de refaire un point sur les performances d'isis. Maintenant que la fuite mémoire est colmatée ca devrait etre pas mal. Voici la Base Manche Ouest avec une simu (7 pops, 17 strategies, ~40 métiers et plein de zones) à faire tourner en simulateur par cellule, que du bonheur! à priori 20min /3ans Sigrid Pour info: avec la nouvelle version, 1 plan de simulation, 1 règle de gestion, 1 pop et sur 3 ans , j'ai fait 82 simus en 7h20, soit 5'36'' par simu, plutot satisfaisant! SavedMixChannelSpat_BioSolPleSce_FisAll_221013.zip<https://docs.google.com/file/d/0B566moKtvIFza1lScmFNSVlJZHM/edit?usp=drive_…> sim_TestPerfBaseChannel_2013-11-22-09-39.zip<https://docs.google.com/file/d/0B566moKtvIFzOGNhdWVUajNkeGc/edit?usp=drive_…>

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Re: [Isis-fish-devel] ***UNCHECKED*** ***UNCHECKED*** Re: Fuite mémoire identifiée (Re: Base ISIS)
by Eric Chatellier 19 Nov '13

19 Nov '13

Le 19/11/2013 08:50, Loic GASCHE a écrit : > Salut Eric, Salut, > > La suite des aventures de ISIS 4.2.1.2 : > > J'ai fait tourner une simu avec une zone = une cellule pour tous les groupes > de benthos + toutes les stratégies de pêche. Ca a tourné sur mon PC en 6 > heures environ. > > Par contre je me rends compte que je n'ai aucun résultat, que ce soit dans > ceux accessibles par l'interface ISIS ou des les exports en csv. > > J'ai le message d'erreur suivant en voulant ouvrir ma simu dans ISIS : > Map failed > sun.nio.ch.FileChannelImpl.map0(Native Method) > sun.nio.ch.FileChannelImpl.map(Unknown Source) > C'est malheureusement un problème connu. Le fichier de résultat est tellement gros je pense, que windows refuse qu'on l'ouvre :(. Tu peux essayer en modifiant la configuration de "mapped.result.matrix.vector.class" de "org.nuiton.math.matrix.DoubleBigVector" à "org.nuiton.math.matrix.DoubleBigMappedVector" pour voir si cela change quelque chose ? (pas besoin de relancer une simulation, tu peux essayer d'ouvrir directement les résultats de la dernière simulation). -- Éric Chatellier - Code Lutin Tel: 02.40.50.29.28 - http://www.codelutin.com

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