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impact de la mise en place d'un pas de temps hebdo ?
by Benjamin POUSSIN 11 Dec '12

11 Dec '12

Salut, Voila une petite réflexion rapide sur le pas de temps dans Isis (il manque sûrement des choses, donc il faut compléter) La demande initial est de pouvoir faire un pas de temps hebdomadaire. Les problèmes à un changement de pas de temps ============================================= - tout ce qui est migration vérifie les choses par rapport au mois, il faudrait que dans l'objet Month, on puisse avoir en plus la notion de quart de mois (=1semaine). - Les résultats se font avec des matrices mensuelles, il faudrait qu'en fonction du pas de temps choisi cette dimension puisse varier. - les saisons sont définis par un interval de mois - des Rules et autres scripts utilisent le mois pour faire des choses. Quelques pistes pour y arriver ============================== 1ère solution ------------- l'idée sera de pouvoir définir en paramétrage de simulation la division de l'année souhaitée. (1=année, 4=saison, 12=mois, 52=semaine, 365=jour) - L'objet TimeStep prendrait donc cette valeur comme pas de temps pour la simulation - TimeStep pourrait retourner des objets Year et YearStep (division courante de l'année. Ex: si 4 division d'année, 3 retourne l'equivalent des 3 derniers mois de l'année. si 12 divisions d'annee, 11 retourne l'equivalent du mois de décembre, ...) - Il serait agréable que lors de la division de l'année, l'utilisateur puisse déterminé le nom qu'il souhaite donnée à chaque division (si division en 12 alors janvier, fevrier, ...) Des propositions par défaut serait données, exemple division par 6 alors on propose (janvier/fevrier, mars/avril, mai/juin, ...) - il faudrait conserver une compatibilite avec l'existant, donc par defaut le decoupage est mensuel et la method getMonth dans ce cas fonctionne. 2ème solution ------------- L'idée sera de basé la plus petite division à 1 jour (le plus pratique je pense, si on descend en dessous du jour ça va être compliqué) On indique ensuite avec combien de jour, on souhaite créer le pas de temps. 7=semaine, 30=mois, 90=trimestre, 360=année, 720=2 ans, ... et combien de pas de temps à une rotation (équivalent d'une année avec les mois), ceci est nécessaire pour la création des saisons. Par exemple si on a un pas de temps de 30 jours, on peut indique qu'on utilise 12 pas de temps pour définir une année. Mais on peut vouloir travailler avec des saisons bi-annuelle, dans ce cas, on pourrait indiquer qu'un rotation prend 24 pas de temps. - L'objet TimeStep prendrait donc cette valeur comme pas de temps comme incrément pour passer au pas de temps suivant pour la simulation - TimeStep pourrait retourner des objets Year(=360), Month=(30), Week=(7), Day=(1) quelque soit le le pas de temps choisi (toujours un multiple de jour) - La compatibilite avec l'existant est automatique si le pas est fixé a 30 et la rotation a 12 pas pour une année - il faut une méthode pour retourner le pas de temps courant dans la rotation choisi (0, 1, 2, ...) (step % stepByRotation). Ceci est nécessaire si on choisi un pas de temps différent de year, month, week, day. - je pense qu'il ne faut pas tenir compte des mois de 28, 29, 31 jours (beaucoup de complexite pour peu de plus value) - il faudra une option (case a cochée) dans le rendu des résulats pour indiquer si l'on veut les résultats sous forme d'année ou de rotation. Peut-etre meme un champs texte qui permette de définir l'affichage souhaite (ou une combo editable avec des valeurs par défaut existant, mais l'utilisateur pourra lui meme redéfinir ce qu'il souhaite) Par exemple pour un pas de temps de 30, une rotation de 720. Pour représenter la division 1500 avec: - %day = 1500 - %step = 50 - %stepInRotation r-%rotation = 1 r-2 (on suppose que le premier step est 0) - %month année %year = février année 4 La question a se poser est garde-t-on 0 comme valeur de premier élément ou on fini par prendre 1 ? Conclusion ========== La deuxième solution me semble beaucoup plus évolutive, elle permet de faire des pas de temps supérieurs à l'année, et de choisir sa rotation (on est plus obligé de suivre l'année). Par contre cette solution ne permet pas de faire une simulation sur un pas de temps inférieure au jour (au contraire de la 1ère). Mais ce n'est pas totalement vrai, il suffit de dire que la division minimal de 1 n'est pas un jour mais 1 heure, que la rotation est sur 8640 (dans ce cas les methodes year, month, ... retournent n'importe quoi, mais ceci n'a que peut d'importance, car ne servent a rien a part a affiche de facon plus agréable le pas de temps courant) Les changements a faire ======================= - TimeStep - PopulationSeasonInfoImpl - DefaultSimulator - verifier que les scripts utilise bien le nouveau TimeStep -- Benjamin POUSSIN -------------------- tél: +33 (0) 2 40 50 29 28 email: poussin(a)codelutin.com http://www.codelutin.com

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Test fichiers mappés windows
by Eric Chatellier 06 Dec '12

06 Dec '12

Bonjour, J'ai effectué une série de test pour tenter de cerner la cause de l'erreur "java.lang.OutOfMemoryError: Map failed" sous windows. Test isis: * Windows 7 64 bits * Java 7 32 bits * Base cam2_rv2 * Population merluccius * 10 ans * 1Go de mémoire * Résultat : matrixDiscardsPerStrMetPerZonePop,matrixAbundance,matrixBiomass La simulations tourne, une erreur se produit seulement quand les résultats sont lus pour être visualisé ou exporté. Test de variations des paramètres mémoires: -Xmx1024M: java.lang.OutOfMemoryError: Map failed -Xmx1600M: Could not reserve enough space for object heap -Xmx1500M: java.lang.OutOfMemoryError: Map failed -Xmx500M: OK -Xmx1024M -XX:MaxDirectMemorySize=64M (valeur par defaut) java.lang.OutOfMemoryError: Map failed -Xmx1024M -XX:MaxDirectMemorySize=256M java.lang.OutOfMemoryError: Map failed -Xmx1024M -XX:MaxDirectMemorySize=1024M java.lang.OutOfMemoryError: Map failed -Xmx1024M et org.nuiton.math.matrix.DoubleBigMappedVector (valeur par defaut) java.lang.OutOfMemoryError: Map failed -Xmx1024M et org.nuiton.math.matrix.DoubleBigVector OK -Xmx1500M et org.nuiton.math.matrix.DoubleBigVector OK Donc le paramètre "-XX:MaxDirectMemorySize" n'a aucune incidence pour sur la mémoire des fichiers mappés. Pour Oracle [1], ce n'est ni résolvable, ni configurable car c'est Windows qui échoue dans l'allocation mémoire (si j'ai bien compris il ne peut pas allouer une zone contigue de mémoire). Si on n'utilise pas de mémoire mappé, cette erreur ne peux plus se produire (DoubleBigVector pour les matrices). Donc la solution pour windows et au moins dans le cas de la compléxité de la base cam2_rv2 et de configurer l'option mapped.result.matrix.vector.class à org.nuiton.math.matrix.DoubleBigVector pour ne pas utiliser la mémoire mappée. [1] : http://bugs.sun.com/bugdatabase/view_bug.do?bug_id=6776490 -- Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com

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Gestion de la mémoire du fichier des résultats mappé
by Eric Chatellier 26 Nov '12

26 Nov '12

Bonjour, Suite aux problèmes de mémoires actuels avec le nouveau fichier de stockage des résultats, j'ai rechercher comment était gérée la mémoire pour ce genre de fichier. J'ai trouvé cet article qui en parle: http://blog.ippon.fr/2011/11/03/java-acces-directs-a-la-memoire-off-heap/ Les fichiers mappé semble être stocké hors de la mémoire heap (celle qu'on augmente avec -Xmx), cela explique pourquoi si cette mémoire est trop grande, celle ci se réduit. Il parle également d'autres options pour controler la taille de cette zone: -XX:MaxDirectMemorySize À voir. Pour l'instant, je vais faire quelques tests sans mapper les résultats en mémoire (ca sera surrement plus lent)... -- Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com

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Petit probleme dans TACPoids
by Benjamin POUSSIN 22 Nov '12

22 Nov '12

Salut, Il me semble qu'il y a un probleme dans tacPoids car on y trouve: """ discard = popMon.getCatch(pop).copy(); // ca ne doit pas pouvoir marcher car MATRIX_DISCARDS_PER_STR_MET est de dimension pop groupe str met - et discard n'a plus la dimension pop discard.setName(ResultName.MATRIX_DISCARDS_PER_STR_MET_PER_ZONE_POP); popMon.addDiscard(step, pop, discard); log.info("[TAC] add discard for " + pop + ": " + discard); // ne manquerait-il pas resultmanager.addResult(step, pop, discard); """ Le problème sont les 2 dernieres lignes. Car pour moi il ne faut pas le faire car on l'a deja dans DefaultSimulator """ MatrixND discard = populationMonitor.getDiscard(step, pop); if (discard != null || step.getStep() == 0) { // force discard for the first month to have discard in result if (discard == null) { discard = MatrixFactory.getInstance().create( ResultName.MATRIX_DISCARDS_PER_STR_MET_PER_ZONE_POP, new List[] { siMatrix.getStrategies(step), siMatrix.getMetiers(step), pop.getPopulationGroup(), pop.getPopulationZone() }, new String[] { n_("Strategies"), n_("Metiers"), n_("Groups"), n_("Zones") }); } resManager.addResult(step, pop, discard); """ Pourquoi avions nous fait ca ? Parce que s'il y a plusieurs regles de gestion qui font du rejet de la meme espece au meme pas de temps on se retrouve avec plus de poisson rejeté que peché :(. Donc en stockant dans populationMonitor, on ne permet l'ajout qu'une seul fois, et lorsqu'on sauve dans DefaultSimulator, on est sur qu'il n'y a pas plus de poisson que prevu. Je pense qu'il faudrait remodifier ce petit probleme, a moins que je ne me trompe ? -- Benjamin POUSSIN -------------------- tél: +33 (0) 2 40 50 29 28 email: poussin(a)codelutin.com http://www.codelutin.com

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Changement de licence (GPLv3)
by Eric Chatellier 26 Oct '12

26 Oct '12

Bonjour, Isis-Fish va changer de licence de GPLv2 à GPLv3 pour utiliser la dernière version de la GPL et résoudre une incompatibilité avec les librairies sous licence Apache 2. Changement prévu pour bientôt sauf si quelqu'un si oppose: http://forge.codelutin.com/issues/1621 -- Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com

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Resource_List.ncpus = 1 ?
by Loic GASCHE 16 Oct '12

16 Oct '12

Bonjour les lutins, Je rencontre un soucis en faisant tourner mes simus sur caparmor : elles sont exécutées extrêmement lentement. Pour donner un ordre d'idée, sur mon AS précédente il n'avait fallu que quelques heures pour faire 5000 simulations avec 75 paramètres. Là je repars de la même AS de base, mais je n'ai plus que 25 paramètres, et alors que l'AS à tourné toute la nuit je n'en suis qu'à 2800 simus. En faisant un qstat pour suivre l'avancement des simus, j'ai la forte impression qu'elles ne sont faites que 4 par 4, et de plus j'ai Resource_List.ncpus = 1... Ca veut dire qu'effectivement je ne tourne que sur 1 processeur (4 coeurs) ?? Déjà que 4 processeurs ça ne faisait pas lourd... Voilà, si vous savez d'où vient le problème et comment il peut être réglé je suis preneur, car voir mes simus tourner à cette vitesse c'est presque une punition ! Loïc

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Ressources Isis-fish
by Postmaster ISIS-Fish 30 Sep '12

30 Sep '12

Amis utilisateurs d'ISIS-Fish, Ce mail automatique, envoyé tous les 3 mois sur les listes de diffusions du projet, a pour but de vous rappeler toutes les ressources disponibles pour toutes vos éventuelles questions et problèmes. Documentation et manuel utilisateurs ------------------------------------ La documentation d'ISIS-Fish est présente sur le site à cette adresse : http://isis-fish.org/v4/index.html. N'hésitez pas à nous remonter les parties qui ne sont pas claires ou les parties qui ne sont pas à jour, le logiciel évoluant, certaines parties de la documentation sont peut-être obsolètes. Questions et FAQ ---------------- Vous pouvez poser vos questions à cette même liste de diffusion en envoyant un mail à isis-fish-users(a)list.isis-fish.org. Toutes les personnes abonnées le recevront et pourront répondre à vos éventuelles questions. N'oubliez pas, avant de poser votre question, de rechercher parmis les archives de la liste (http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/) votre question a peut-être déjà été posée. Les questions les plus fréquemment posées sont regroupées sur le site sur la page FAQ : http://isis-fish.org/v4/user/FAQ.html Forge, rapports de bug, suivi des évolutions -------------------------------------------- Si vous rencontrez un bug, vous pouvez vérifier sur la forge ISIS-Fish (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/issues) si nous en avons déjà connaissance. Si nous n'en avons pas connaissance, vous pouvez nous rapporter le bug, nous l'intègrerons dans la liste des évolutions prévues (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/roadmap) Pour rapporter un bug (ou une demande d'évolution), donnez nous le maximum de détails sur ce bug (comment vous l'avez obtenu ? votre base, vos paramètres et le fichier debug.txt). Plus nous avons d'informations, plus nous pourrons vous aider simplement. L'équipe ISIS-Fish

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[ANN] - IsisFish 4.2.1.0 released
by forge.codelutin.com Release Notification 26 Sep '12

26 Sep '12

The IsisFish team is pleased to announce the isis-fish-4.2.1.0 release! Simulateur de pecherie complexe. Documentation of the project can be found here: http://maven-site.forge.codelutin.com/isis-fish Changes ------- Changes in this version include: New features: o Ajout des champs groupMin/groupMax pour pouvoir calculer la mortalité totale par pêche Issue: 1530. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. Downloads --------- For a manual installation, you can download files here: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/files * isis-fish-4.2.1.0-bin.zip - http://forge.codelutin.com/attachments/download/489 Maven artifacts --------------- Artifacts are deployed in nuiton maven repository http://maven.nuiton.org/other-releases/ Have fun! -IsisFish team

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variables par defaut dans populations
by Stephanie MAHEVAS 25 Sep '12

25 Sep '12

Eric, serait-il possible que par défault lorsque l'on crée une population il y ait deux variables par defaut AgeMin et AgeMax initialisées par defaut à l'age min de la pop et l'age max de la pop (et 0 si les pop sont structurées en longueur)? Ca permettrait de rendre generique le SiMatrix crée par Loic... Merci Steph -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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edition site web
by Sigrid Lehuta 24 Sep '12

24 Sep '12

Hello, j ai voulu modifier la page telechargements sur le site d isis. J ai simplement ajoute "Anchovy" apres "Base Bay of Biscay" et sauvé. La modification n apparait pas sur la page mais si je retourne dans la page d edition, la modification est conservee. Cela vient il de moi ou d un bug?

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