- Isis-fish-devel - mailman.cloud.codelutin.com

login/password
by Sigrid Lehuta 24 Sep '12

24 Sep '12

Bonjour tout le monde, j'aimerais pouvoir modifier le site isis mais j ai perdu mes identifiants. Pourriez vous me les rappeler? Merci.

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[ANN] - IsisFish 4.2.0.1 released
by forge.codelutin.com Release Notification 20 Sep '12

20 Sep '12

The IsisFish team is pleased to announce the isis-fish-4.2.0.1 release! Simulateur de pecherie complexe. Documentation of the project can be found here: http://maven-site.forge.codelutin.com/isis-fish Changes ------- Changes in this version include: Fixed Bugs: o Impossible d'utiliser des appels R en sous process Issue: 1508. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. o Impossible de lire les resultats de simulation Issue: 1507. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. Downloads --------- For a manual installation, you can download files here: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/files * isis-fish-4.2.0.1-bin.zip - http://forge.codelutin.com/attachments/download/480 Maven artifacts --------------- Artifacts are deployed in nuiton maven repository http://maven.nuiton.org/other-releases/ Have fun! -IsisFish team

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Arrêt du téléchargement de simus caparmor
by Loic GASCHE 18 Sep '12

18 Sep '12

Bonjour les lutins, J'ai un petit soucis : je viens de me rendre compte qu'ISIS a arrêté de télécharger mes simulations depuis caparmor il y a quelques heures... J'ai beau essayer de fermer et relancer ISIS cela ne change rien. Une idée ? Je ne sais pas si ça a un rapport mais j'ai reçu hier ce mail : ATTENTION!! vous utilisez 54.7G sur home[1-6] votre quota est de 50G le temps restant pour faire le menage est de 6 jours et mon TMP sur caparmor fait 13 gigas à priori... Loïc

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Re: [Isis-fish-devel] Caparmor paused multijob
by Eric Chatellier 14 Sep '12

14 Sep '12

Le 14/09/2012 17:18, Tina ODAKA a écrit : > hi eric, > thats because 16 jobs are running very long time (those jobs are taking 57 > hours!! > may be it is an error? those jobs are blocked because of user disk quotat exceded, they doesn't output any activity. > > if you are sure that each job runs like in 5 minutes, you can add this option > -l walltime=00:05:00 > if you use 1G of memory, you can put this, then you have higher chance that > your job goes before other big memory job > -l mem=1G > > if you put walltime=5min, incase there is pb and it take long time, it will > kill that job array indecies job, and goes to next array indecies job. This case never happen (only due to disk usage exceded). > > tina > > 3954951[3031].s lgasche sequenti simulation 20400 1 1 2800mb 96:00 R 57:08 > 3954951[3032].s lgasche sequenti simulation 24897 1 1 2800mb 96:00 R 57:09 > 3954951[3033].s lgasche sequenti simulation 20528 1 1 2800mb 96:00 R 57:07 > 3954951[3034].s lgasche sequenti simulation 24994 1 1 2800mb 96:00 R 57:08 > 3954951[3035].s lgasche sequenti simulation 29774 1 1 2800mb 96:00 R 57:07 > 3954951[3036].s lgasche sequenti simulation 25054 1 1 2800mb 96:00 R 57:07 > 3954951[3038].s lgasche sequenti simulation 30101 1 1 2800mb 96:00 R 57:05 > 3954951[3039].s lgasche sequenti simulation 25099 1 1 2800mb 96:00 R 57:06 > 3954951[3040].s lgasche sequenti simulation 29517 1 1 2800mb 96:00 R 57:05 > 3954951[3041].s lgasche sequenti simulation 29532 1 1 2800mb 96:00 R 57:05 > 3954951[3045].s lgasche sequenti simulation 29628 1 1 2800mb 96:00 R 57:05 > 3954951[3046].s lgasche sequenti simulation 29807 1 1 2800mb 96:00 R 57:03 > 3954951[3048].s lgasche sequenti simulation 20729 1 1 2800mb 96:00 R 57:02 > 3954951[3049].s lgasche sequenti simulation 20744 1 1 2800mb 96:00 R 57:02 > 3954951[3050].s lgasche sequenti simulation 32626 1 1 2800mb 96:00 R 57:02 > 3954951[3051].s lgasche sequenti simulation 25288 1 1 2800mb 96:00 R 57:01 > service0>989% What is the command line for that output ? -- Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com

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[ANN] - IsisFish 4.2.0.0 released
by forge.codelutin.com Release Notification 14 Sep '12

14 Sep '12

The IsisFish team is pleased to announce the isis-fish-4.2.0.0 release! Simulateur de pecherie complexe. Documentation of the project can be found here: http://maven-site.forge.codelutin.com/isis-fish Changes ------- Changes in this version include: New features: o Add new result storage to store result on file system Issue: 1449. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. Fixed Bugs: o Le dépot communauté n'est pas mis à jour au démarrage Issue: 1461. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. o Impossible d'appeler R depuis un sous processus Issue: 1460. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. Downloads --------- For a manual installation, you can download files here: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/files * isis-fish-4.2.0.0-bin.zip - http://forge.codelutin.com/attachments/download/472 Maven artifacts --------------- Artifacts are deployed in nuiton maven repository http://maven.nuiton.org/other-releases/ Have fun! -IsisFish team

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Nouveau format de stockage des résultats de simulations
by Eric Chatellier 14 Sep '12

14 Sep '12

Bonjour, Nous avons développé un nouveau format de stockage des résultats commençant avec la version 4.2.0.0 de IsisFish. Ce nouveau format ne stock plus les résultats dans la base de données, mais dans un fichier indexé enregistré dans le dossier de la simulation. Ce nouveau format de stockage est plus rapide lors de l’exécution de la simulation et beaucoup plus rapide pendant la phase d'export des résultats (de l'ordre de six fois plus rapide). Il résous également un problème mémoire pendant la phase d'export. Concernant son utilisation, il n'y a aucune différence dans l'API. Ce nouveau stockage est une nouvelle implémentation du ResultManager et s'utilise exactement de la même façon que l'ancien. Cela ne change rien du point de vue de l'utilisateur. Cordialement, Eric Chatellier. -- Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com

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Caparmor paused multijob
by Eric Chatellier 14 Sep '12

14 Sep '12

Bonjour tina, Nous avons actuellement sur capamor un multijob qui a été mis en pause car le quotat de l'utilisateur a été dépassé (lgasche). Comment peut-on reprendre le job en question (3954951[].service0) ? Le job est bloqué à (qstat -f 3954951[].service0): array_indices_submitted = 0-4999 array_indices_remaining = 3052-4999 depuis très longtemps. Merci. -- Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com

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Pb de téléchargement de simus caparmor
by Loic GASCHE 11 Sep '12

11 Sep '12

J'ai un petit soucis de récupération de simus d'une AS que je fais tourner sur caparmor : - La plupart des simus restent à l'état "attente de démarrage" - Puis il y a une phase de téléchargement presque instantanée (alors que d'habitude c'est ce qui prend le plus de temps) - Le téléchargement semble bloqué à Janvier 0 et la simu passe à l'état "Suppression des fichiers" - Aucune des simulations ne passe dans la liste du bas des simulations terminées... Cette AS tourne sans soucis sur mon PC, donc je ne pense pas que le problème vienne de l'AS en elle-même. A priori les simulations tournent comme il faut sur caparmor, c'est pour cela que je pense que le problème vient de la récupération des simulations... Une idée ? Loïc

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commandes caparmor pour suivre ses simus ?
by Loic GASCHE 07 Sep '12

07 Sep '12

Salut les lutins, Je ne me souviens plus des commandes à utiliser pour accéder à l'état de mes simus sur caparmor dans la fenêtre de commandes de putty... J'ai jeté un coup d'oeil sur le site mais je n'ai pas trouvé ce qui m'intéresse. Est-ce qu'il serait possible de me les donner à nouveau ? Ca pourrait valoir le coup de les rajouter sur le site ? Loïc

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[ANN] - IsisFish 4.1.1.1 released
by forge.codelutin.com Release Notification 04 Sep '12

04 Sep '12

The IsisFish team is pleased to announce the isis-fish-4.1.1.1 release! Simulateur de pecherie complexe. Documentation of the project can be found here: http://maven-site.forge.codelutin.com/isis-fish Changes ------- Changes in this version include: New features: o Fix matrix import semantic mapper for PopulationGroup Issue: 1444. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. o Add option to control subprocess allocated memory Issue: 1442. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. o Add option to control caparmor process allocated memory Issue: 1443. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. o Add option to export factor list into mexico xml file Issue: 1450. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. o Add option to control subprocess max simultaneous process count Issue: 1445. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. Fixed Bugs: o Memory leak is still present when reading result during export Issue: 1435. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. Downloads --------- For a manual installation, you can download files here: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/files * isis-fish-4.1.1.1-bin.zip - http://forge.codelutin.com/attachments/download/454 Maven artifacts --------------- Artifacts are deployed in nuiton maven repository http://maven.nuiton.org/other-releases/ Have fun! -IsisFish team

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